ينقسم الهيكل التنظيمي لمحافظة العاصمة إلى أربع إدارات
إدارة الموارد البشرية والمالية
- تقوم بالإشراف علــــى تطوير وتنفيذ خطط التدريب وذلك من أجل تطوير قدرات الموظفين ورفع الكفاءة والانتاجية. (الموارد البشرية)
- تقوم باستقطاب كفاءات عالية والعمل على توظيف امكانياتها حسب الهياكل التنظيمية. (الموارد البشرية)
- تقوم بإعداد وتنفيذ الميزانية وفقاً للسياسات المالية الموحدة. (الموارد المالية)
- تقوم بإعداد التقارير المالية وتضع خطط لترشيد الانفاق واستغلال الموارد بكفاءة. (الموارد المالية)
- تقوم بتوفير الخدمات والمواد والأدوات اللازمة وذلك لتزويدها الى باقي الإدارات. (شؤون الموظفين)
إدارة الخدمات الهندسية والاستثمار
- تسعى لتحديد ودراسة الاحتياجات الأساسية لتطوير البنيـة التحتية والمشاريــــع الخدماتيــــة والانشائيــــة والاستثمارية. (قسم التنمية الاستثمارية)
- تعمـــل على تحسين عملية التواصل بين كل من المواطنين والمقيمين والمؤسسات الحكومية، وذلك من أجل تذليل الصعوبات الفنيـــة من خلال القنوات الرسمية مع الوزارات الخدماتية والجهات ذات العلاقة. (قسم الخدمات والبحوث)
- تقوم بمتابعة الشكاوى الخدماتية للمواطنين والمقيمين وإيجــــــــاد الحلـول المناسبة لها. (قسم الخدمات والبحوث)
- تشارك بوضع خطط التنمية الاقتصادية والعمرانية وذلك بالتعاون مع مختلف الجهات ذات العلاقة. (قسم الشئون الهندسية)
إدارة البرامج الاجتماعية وشؤون المجتمع
- تسعى لوضـع الخطـط التي ترفـع من مستــوى التنميــــة الاجتماعية بالمحافظة في مجالات متنوعة كالخدمات الصحية والتعليمية والثقافيــــة والبيئية والعمل التطوعي والمجالات الأخرى. (قسم البرامج)
- تعمل على إيجاد حلـول مناسبـــــة للمواطنــــين والمقيمين ومعالجـــة مشاكلهم في المجــــال الاجتماعي. (قسم شئون المجتمع)
- تقـــوم بوضع خطط وبرامج وفعاليات تهـــدف إلى ترسيخ الشراكة المجتمعية وتعميق الحس الوطني والولاء للقيادة الرشيدة. (قسم البرامج)
إدارة المعلومات والمتابعة
- تقوم بإعداد ووضع الخطة الاعلامية للمحافظة والتنسيق مع مختلف المؤسسات الإعلامية والجهات ذات العلاقة. (قسم العلاقات العامة)
- العمل على تطوير وصيانة نظم المعلومات وتطبيقات الحاسوب لتلبية احتياجات جميع الادارات. (قسم نظم المعلومات)
- تقوم بالتنسيق والتحضير للاجتماعات الخاصة بالمجلس التنسيقي. (وحدة شئون المجلس التنسيقي)